大红萝卜可通过控温控湿的窖藏或室内存放方式安全过冬，储存得当可保留新鲜口感至来年春季。
1、户外窖藏法，适合有庭院的家庭使用：选背风向阳、不积水的地块挖深度1米左右的地窖，底部先铺一层5厘米厚的细沙，将大红萝卜顶部朝上摆放，摆一层萝卜盖一层细沙，全部码好后表层覆盖10厘米厚的土，降温后再加盖草帘保温，把窖内温度控制在0-3℃就能长期储存。
2、室内简易储存法，适合没有地窖的城市家庭：先把大红萝卜的缨子切掉，放在通风处晾1-2天让表皮水分收干，找干净的纸箱或泡沫箱，一层萝卜铺一层湿润的细沙土，逐层码好后把箱子放在阴凉背光的楼道、北阳台角落，温度维持在1-5℃即可过冬。
3、储存大红萝卜避免糠心的方法：首先储存前必须切除萝卜缨和细小侧根，避免植株继续生长消耗萝卜本身的水分养分；其次储存用的沙土湿度要合适，手捏能成团松开即散就刚好，不要把萝卜放在风大的位置，减少水分流失就能避免糠心。
不管用哪种方法储存，储存前都要提前挑出有磕碰伤口、带病虫害的坏萝卜，这类萝卜要尽早食用，不要和好萝卜混放，避免腐烂传染影响整批储存。