干牡蛎的内脏是其腹部的灰黑色消化软组织，清洗前充分泡发后直接撕除即可去除干净，少量残留也不影响食用。
1、提前做泡发准备：把干牡蛎放在干净的冷水中浸泡2到4小时，让干牡蛎完全吸饱水变软，方便后续处理，泡发的时候可以提前换一次水，让表层的杂质先沉淀出去。
2、去除干牡蛎内脏：泡软的干牡蛎展开后，能清晰看到闭壳肌旁边一团偏灰黑的软囊，这就是干牡蛎的内脏和残留的消化物，直接用手把这部分撕下来丢弃，再用流动清水冲掉表面附着的碎渣就完成内脏清洗了。
3、去除残留泥沙：撕完内脏后，准备一盆加了少许食盐的淡盐水，把处理好的牡蛎肉放进去轻轻抓揉几圈，然后静置3到5分钟，泥沙就会自然沉淀到盆底，把牡蛎肉捞出来再用流动清水冲一遍就干净了。
如果是商家已经预处理过的淡晒干牡蛎，本身就已经清理掉内脏，只需要泡发后抓洗去沙就可以，不用过度处理破坏干牡蛎本身的鲜香味。