豆芽变成蓝色主要是豆芽所含花青素遇碱性物质发生显色反应，少数为杂菌污染导致。
1、最常见的变色原因是化学反应，多数品种的豆芽天然含有花青素，花青素的显色会随环境酸碱度变化，一般遇酸偏红遇碱变蓝。如果发豆芽的水硬度偏高偏碱，或是容器残留了碱性的洗洁精、消毒粉，就会引发豆芽变蓝。
2、少数情况是杂菌污染引发变色，豆芽发芽过程中如果闷湿不透气、清洁不到位，很容易滋生青霉菌这类产色杂菌，菌落繁殖后会让豆芽表面长出蓝灰色霉变斑块，这种变色往往伴随豆芽发黏、散发酸腐臭味。
3、关于变蓝豆芽能否食用的问题：如果确认是花青素遇碱导致的变蓝，豆芽没有腐坏异味，充分清洗后完全可以食用，不会危害健康；如果是杂菌霉变导致的变蓝，哪怕只有局部变色，整个豆芽已经被毒素污染，必须丢弃不能食用。
日常发豆芽建议选用中性纯净水，容器提前烫洗清洁，发好后尽快食用，避免变质。