芡实可根据处理量的多少，选择手工法或者工具法完成去皮去壳操作。
1、手工去皮去壳（适合少量处理）：先剥除新鲜芡实外部的绿色硬苞，取出带壳种仁，放入加了少许食盐的开水中浸泡10分钟，捞出过一遍凉水后，就能直接用手搓掉内层软种皮，硬壳也能轻松捏开取出完整芡实米；干芡实提前用清水浸泡3小时泡软，再用指甲或小刀撬开硬壳、去除种皮即可。
2、工具去皮去壳（适合大量处理）：如果一次要处理几斤甚至更多芡实，可以用坚果开壳器或者小型家用芡实去壳机，脱除外苞的芡实直接放入工具挤压，就能快速去掉硬壳，之后搓洗一遍就能去除内层种皮，效率远高于手工处理。
3、去壳芡实的保存方法：新鲜去壳芡实要先沥干表面水分，装入密封保鲜袋排出空气后，放入冰箱冷冻层储存，可保存3-6个月不变质；干制去壳芡实要装入干燥无水的密封罐，放在阴凉通风处保存，每隔1-2个月取出晾晒一次，避免受潮生虫，可存放1年左右。
处理芡实的时候要控制浸泡时间，避免芡实米吸饱水影响后续保存，保存时一定要保证容器干燥密封，发现霉变生虫要立即丢弃不能食用。