新鲜完整带泥的莲藕优先带泥放在阴凉处储存，短期存放可放1-2周，长期储存可以埋入湿润沙土，能放1-2个月，切开后的莲藕泡淡盐水放冰箱，可存放3-5天。
1、短期常温储存：带泥的完整莲藕不要提前清洗，直接放在阴凉通风、背光干燥的角落即可，储存期间每隔3-5天检查一次，挑出开始变软变质的莲藕，这种方法适合一周内会吃掉的莲藕，能最大程度保留莲藕的脆感和水分。
2、长期保鲜储存：如果需要储存1个月以上，可以准备干净的塑料箱，把整根莲藕埋进微微湿润的干净沙土中，放在阴凉处存放，每次吃的时候取出部分再重新盖好沙土即可；也可以把整藕用保鲜膜紧紧裹住隔绝空气，放进冰箱冷藏层，能存放1个半月左右；切开的莲藕要擦干切口，裹好保鲜膜后泡入淡盐水中，每天换一次水就能保鲜。
3、储存发芽的莲藕能不能吃：发芽的莲藕本身不会产生有毒有害物质，只要发芽后没有出现软烂发霉、腐烂变味的情况，只需要削掉芽点和周边发糠的部分，就可以正常食用；如果发芽同时伴随莲藕内部发黑腐坏，就直接丢弃不要食用了。
储存莲藕的时候要注意避开高温和积水潮湿的环境，发现变质的莲藕要及时清理，避免污染其他完好的藕段。