小甲鱼死在蛋里，主要是种蛋质量不合格、孵化环境参数不适、病菌感染这三类原因造成的。
1、种蛋本身存在先天缺陷：如果亲鳖生产时营养不良，产下的鳖蛋本身胚胎活性就差，很难正常发育；或是种蛋储存时间太久、运输转移时受到剧烈震动，都会导致胚胎受损，死在蛋内。
2、孵化环境不符合要求，或是感染病菌：甲鱼蛋孵化对温湿度、透气性要求很高，温度长期低于22℃或高于36℃、湿度过高缺氧或是过低缺水，以及孵化基质不透气，都会杀死胚胎；如果种蛋没消毒，携带了霉菌病菌，也会造成胚胎感染死亡。
3、想要预防小甲鱼死在蛋里，可以从三个方面调整：挑选种蛋时直接淘汰畸形、有裂痕、软壳的不合格蛋，储存运输过程避免剧烈晃动；控制孵化环境温度稳定在28-32℃，湿度保持在80%-85%，选用透气的蛭石或河沙做孵化基质；种蛋入孵前做好消毒，日常多检查，发现坏蛋及时挑出避免传染。
甲鱼孵化本来就有一定的死胎率，只要做好环境管控就能把死胎率降到很低，日常多观察多调整就可以。