萝卜黑心主要是种植过程感染病菌，或是存储不当变质导致的，不存在自然生长的健康可食用黑心萝卜。
1、种植阶段感染黑腐病是萝卜黑心最常见的原因，黑腐病是十字花科蔬菜高发的病害，在多雨、低洼、排水差的地块种植时，病菌容易从萝卜根部侵入，一步步让内部组织坏死发黑，很多时候外观看不出异常，切开才会发现黑心。
2、采收后存储不当也会导致萝卜黑心，萝卜采收后如果放在温度高、不通风的密闭环境里，呼吸作用产生的热量和二氧化碳无法排出，萝卜内部缺氧就会造成组织坏死变质，原本有伤口的萝卜会更快出现黑心问题。
3、黑心萝卜吃了确实存在中毒风险：如果是病菌感染导致的黑心，黑腐病菌本身会对人体产生危害，如果是存储变质导致的黑心，变质过程中还会滋生大量有害毒素，食用后大概率会出现腹痛、呕吐、腹泻等肠胃不适，严重时还会引发全身性的中毒反应，因此不管哪种原因造成的黑心萝卜，都不建议食用。
买萝卜时可以优先挑分量结实、表皮没有发软凹陷的，切开发现黑心后要整颗扔掉，不要觉得只坏了一点切掉就能继续吃。