从生物学分类来看，海蛎、牡蛎本身就是同一个物种，生蚝只是牡蛎这个品类下的一个优良品种，本质属于牡蛎的一种，三者并不是三种完全不同的海鲜。
1、市场概念上的区别：国内市场为了方便区分，通常把个头偏小的普通牡蛎叫做海蛎或是牡蛎，把专门养殖、个头偏大的优质品种叫做生蚝，一般单重达到一两以上的牡蛎才会被商家叫做生蚝。
2、口感与生长的区别：普通海蛎（小个牡蛎）很多是野生或是短周期养殖，生长在礁石区，个头小肉薄，口感紧实偏有韧性；生蚝多是人工深海吊养，生长周期更长，个头能长到普通海蛎的好几倍，肉质肥厚细嫩，汁水更鲜甜。
3、营养价值的区别：三者基础营养成分一致，但生蚝因为生长周期长、肉质饱满，蛋白质和锌含量远高于普通小个海蛎牡蛎，尤其是锌元素含量，是普通海蛎的7-8倍，食补补锌大多会选择生蚝。
三者本质都是牡蛎，市面上的区别只是商家按大小和养殖方式做的通俗区分，大家根据自己的食用需求和预算选购即可。