洗过的鲜百合可以根据想要存放的时长，选择冷藏、冷冻、晒干三种方式保存，都能达到不错的保鲜效果。
1、短存选冷藏法：洗过的鲜百合先沥干表面多余水分，用干净厨房纸包裹住吸走潮气，再放入密封保鲜袋挤出袋内空气，放进冰箱冷藏室即可。这种保存方式下，洗过的鲜百合可以放3~5天，适合一周内就要吃完的情况。
2、长期存放选冷冻法：把洗好的鲜百合掰成均匀小瓣，开水下锅加少许白醋焯水1分钟，捞出后立刻过凉水降温，完全沥干水分后，按每次食用的分量分成独立小份，装入密封袋放冰箱冷冻层。这种方法能让洗过的鲜百合保存3~6个月，只要一直保持零下冷冻状态，放1年也可食用只是口感会略微发柴。
3、长期囤放选干制法：洗过的鲜百合掰瓣后，放在向阳通风的晾晒架上，彻底晾晒到完全脱水变硬，也可以用烤箱低温烘干，干透后装入干净密封罐，放在阴凉干燥处储存即可。这种方法保存的洗过鲜百合，可以存放半年到1年，随时拿出来泡发煲汤煮粥都可以。
保存鲜百合的时候，沥干水分是避免发霉变质的关键，取出食用前要先检查状态，一旦出现发酸、发黏、长霉斑的情况，就要直接丢弃不能食用。