海泥鳅和淡水泥鳅属于不同物种，二者在生长环境、外形特征、食用价值上都存在本质区别。
1、生长环境不同。海泥鳅是海鲶的俗称，常年栖息在近海咸水区域的底层泥沙中，仅偶尔会洄游到河口的咸淡水交界带活动，无法长期适应纯淡水环境。淡水泥鳅是原生的鳅科淡水鱼类，栖息地多为稻田、湖泊、池塘这类淡水水域的底层淤泥，完全不能适应高盐度的咸水环境。
2、外形与食用价值不同。成年海泥鳅体型更大，普遍能长到20-30厘米，头部偏宽，背鳍带硬刺，整体肉质偏松散，还有较重的海腥味，部分近海域的海泥鳅还会积累藻类毒素，很少作为普通食用鱼售卖。淡水泥鳅成年后大多在10-20厘米之间，体型更细长，鳞片细小隐藏在皮下，肉质细嫩鲜美，是国内很受欢迎的家常食用鱼，整体营养价值也远高于海泥鳅。
3、海泥鳅不可以当淡水鱼养殖。海泥鳅长期生活在咸水环境中，身体的渗透压调节机制已经适应了高盐度水体，放入纯淡水后水分会不断渗入体内，不出一周就会死亡；就算是偶尔进入河口区域的海泥鳅个体，也无法长期适应纯淡水环境，目前人工养殖海泥鳅都是在半咸水或近海区域，没有纯淡水养殖的成功案例。