肛瘘破溃后做好局部清洁引流，不能自行挤压破溃口或强行封闭创口，避免感染向深部组织扩散。
A、 即时应急处理：用干净的温水或生理盐水冲洗肛周，擦净破溃口流出的脓液，再用碘伏轻轻消毒破溃口及周围皮肤，之后垫上无菌纱布或透气的医用护理垫吸收渗液，不要用不透气的创可贴贴封创口，也不要用脏手触碰挤压。
B、 居家观察护理：每天便后坚持用温水或1:5000高锰酸钾溶液坐浴，既能清洁肛周也能控制局部炎症，日常穿宽松透气的棉质内裤，避免久坐闷压肛周，饮食上保持清淡，少吃辛辣刺激食物，保证排便通畅，避免便秘或腹泻加重刺激。
C、 手术时机选择：肛瘘破溃后只要局部急性炎症得到控制、肿痛症状明显缓解就可以安排手术，多数患者破溃后3-7天炎症就能消退，此时做手术创伤更小、恢复更快，如果破溃后引流顺畅、肿痛快速消退，也可以直接安排手术，无需刻意等待。
肛瘘破溃只是瘘管内脓液排出后暂时缓解了肿痛症状，并不代表疾病自愈，应急处理后一定要尽早到正规医院肛肠科就诊，及时行根治手术，避免病情反复加重。