一整只鱿鱼需要去除内脏、软骨、嘴部、眼囊和表层黑膜这些不可食用部位，全部清理干净后才可进行烹饪。
1、先做表层预处理：鲜鱿鱼放进清水中浸泡5分钟去除表面杂质，干鱿鱼则要放在冷水中浸泡4小时完全泡发，之后从鱿鱼背部剪开一道小口，拉住边角就能完整撕掉表层黑膜，这层黑膜腥味重还发苦，一定要清理干净。
2、清理内部不可食用部分：捏住鱿鱼头，挤出连接部位的喙状硬嘴和两个眼囊，挤掉里面的黑色污汁，再顺着鱿鱼腹腔掏出全部内脏，扯出腹腔里的透明软软骨，刮掉内壁残留的脏筋膜，最后用流动清水冲洗两遍就处理完成了。
3、保存处理好的整鱿鱼：如果1-3天内会烹饪，把鱿鱼沥干水分装入保鲜袋，扎几个小孔放冰箱冷藏室即可；如果超过3天不吃，就把鱿鱼表面擦干，用保鲜膜紧密包裹后放进冷冻层，冻存可以保存1-2个月，拿出来自然解冻就能使用。
处理鱿鱼时尽量不要弄破内部墨囊，如果不小心弄破，只要用加了少许面粉的清水多搓洗几遍就能去除墨渍，不会影响后续食用。