全麦面粉有黑有白，核心原因是加工时保留的麸皮、胚芽比例不同，同时小麦品种、加工工艺也会影响最终颜色。
1、麸皮胚芽保留比例是核心影响因素。全麦面粉需要保留整粒小麦的麸皮、胚芽和胚乳，麸皮本身是深褐色，加工时保留的麸皮越多，面粉整体颜色就越深；如果为了迎合大众口感只添加少量麸皮，或是筛掉了大部分粗麸皮，面粉颜色就会偏浅白。
2、小麦品种和加工工艺也会改变成品颜色。不同品种小麦的天然色素含量不同，比如常见的硬红冬小麦，磨出来的粉天生就比软白小麦颜色更深；另外如果把麸皮做超微粉碎处理，细麸皮均匀分散在胚乳粉中，整体颜色也会比粗麸含量高的全麦粉更浅。
3、不同颜色的全麦面粉营养确实存在区别：通常颜色越深的全麦粉，麸皮和胚芽保留得越完整，膳食纤维、B族维生素和矿物质含量越高，升糖指数也更低；颜色偏白的全麦粉大多麸皮添加量少，本质更接近普通精白面粉，就算是麸皮超细的产品，膳食纤维的结构被破坏，控糖效果也会弱于深颜色的产品。
选购全麦面粉别只看颜色标注，优先看配料表，配料表第一位是全麦面粉、麸皮含量靠前的才是真正营养丰富的全麦粉。